No terceiro filme da saga, Thomas (Dylan OBrien) embarca em uma missão para encontrar a cura para uma doença mortal e descobre que os planos da C.R.U.E.L podem trazer consequências catastróficas para a humanidade. Agora, ele tem que decidir se vai se entregar para a C.R.U.E.L e confiar na promessa da organização de que esse será seu último experimento.
Num cenário pós-apocalíptico, uma comunidade de rapazes descobre que estão presos num labirinto misterioso. Juntos, terão de descobrir como escapar, resolver o enigma e revelar o arrepiante segredo acerca de quem os colocou ali e por que razão.
Após escapar do labirinto, Thomas (Dylan OBrien) e os garotos que o acompanharam em sua fuga da Clareira precisam agora lidar com uma realidade bem diferente